一、从腾冲热海免培养获得的5个16 S rDNA克隆分析（论文文献综述）
马瑞[1]（2020）在《云南保山荷花温泉放线菌的物种多样性分析及其生物活性成分研究》文中研究指明目的:从温泉生境中获得可培养放线菌菌株,对菌株进行酶活性及其次级代谢产物的抗菌活性与化学多样性/新颖性筛选,得到具有优良生物活性且化学多样性/新颖性较好的目标菌株,为后续挖掘新型生物活性物质提供菌株基础。方法:通过微生物培养手段和基于16S r DNA基因序列的系统发育分析对云南保山荷花天然温泉中的放线菌进行物种鉴定与多样性研究,参照《放线菌快速鉴定与系统分类》一书中酶类鉴定方法对分离到的放线菌菌株进行产酶特性测试,采用48孔板法对菌株发酵液的乙酸乙酯粗浸膏进行抗菌活性试验,基于高效液相色谱技术对菌株的次级代谢产物进行化学多样性/新颖性筛选。结果:共分离得到60株放线菌,分别属于链霉菌属的10个种、小单孢菌属的3个种和野野村氏菌属的1个种;共计15株菌株可产生硫化氢和具有淀粉酶活性,14株菌株可还原硝酸盐,12株菌株具有产凝乳酶活性,10株菌株具有纤维素酶活性,3株菌株具有蛋白酶活性,其中,菌株Streptomyces ossamyceticus H13和H28同时具有5种酶活性;共得到6株具有抗菌活性的链霉菌属菌株,其中,菌株S.ossamyceticus H1、S.toxytricinis H20和S.filipinensis H48发酵液的乙酸乙酯粗浸膏对金黄色葡萄球菌具有抗菌活性,菌株S.torulosus H14、S.ossamyceticus H43和S.filipinensis H47发酵液的乙酸乙酯粗浸膏对金黄色葡萄球菌和藤黄微球菌均具有抗菌活性,且菌株H47和H14对金黄色葡萄球菌具有较好的抗菌活性（MIC为6.25-12.5μg/m L）,同时H47对藤黄微球菌显示出了较强的抗菌作用（MIC为3.125-6.25μg/m L）;共计6株链霉菌属菌株表现出较好的化学多样性/新颖性,其中,菌株S.ossamyceticus H1和H43可能产生新型抗菌活性次级代谢产物,且产量较大,极具潜力,菌株S.torulosus H14可能产生一类对金黄色葡萄球菌和藤黄微球菌具有较强抗菌活性的不饱和脂类细胞曲张素B类似物,菌株S.toxytricini H20产生了不同于文献报道的聚缩醛类活性化合物,且对金黄色葡萄球菌具有一定的抗菌活性,菌株S.speibonae H8和S.toxytricini H41未表现出抗菌活性,但其次级代谢产物产量较大。结论:云南保山荷花温泉可培养放线菌数量较多,物种多样性较为丰富,且具有物种特异性,同时,该温泉中含有较为丰富的酶活性和抗菌活性菌株资源,具有一定的科研与应用价值,本研究结果可为该地区温泉来源微生物的进一步开发与保护提供数据参考,对于云南温泉微生物的开发利用与保护也具有一定的借鉴意义。
秦亚玲,梁宗林,宋阳,王保军,刘双江,姜成英[2]（2019）在《高通量测序分析云南腾冲热海热泉微生物多样性》文中指出【背景】云南腾冲热海热泉中蕴含着丰富的极端微生物资源。【目的】揭示云南腾冲热海热泉中微生物物种多样性及群落结构差异,发掘酸性热泉中铁、硫氧化功能微生物。【方法】采用Illumina HiSeq高通量测序技术对3处热泉15个水体样品中微生物16SrRNA基因V4-V5区进行测序及生物信息学分析。【结果】3处热泉中共获得578061条有效序列,聚类为141个可操作分类单元（Operational taxonomic unit,OTU）,包括19个门66个属。鼓鸣泉（GMQ）、蛤蟆嘴（HMZ）、黄瓜箐（HGQ）3处热泉均以泉古菌门（Crenarchaeota）和厚壁菌门（Firmicute）为主。从属水平分析,碱性热泉鼓鸣泉（GMQ）和中性热泉蛤蟆嘴（HMZ）分别注释到37、32个属,优势属均为芽孢杆菌属（Bacillus）和热棒菌属（Pyrobaculum）。酸性热泉黄瓜箐（HGQ）共注释到20个属,优势属为酸杆菌属（Acidibacillus）和酸硫杆状菌属（Acidithiobacillus）,此外,具有铁、硫氧化潜力的菌属有喜酸菌属（Acidicaldus）、硫化芽孢杆菌属（Sulfobacillus）、硫化叶菌属（Sulfolobus）及生金球菌属（Metallosphaera）等,进一步通过硫氧化培养基分离获得了这些菌属中的纯菌株。【结论】云南腾冲热海热泉水体中蕴含丰富的微生物资源,热泉间微生物物种组成差异明显;酸性热泉中存在多种具有潜在铁、硫代谢功能的菌种;未分类类群、非培养类群丰度很高,尤其是蕴藏着可观的古菌资源。
李浩宇[3]（2016）在《明永冰川及其退却地区垂直气候带的细菌群落多样性研究》文中认为位于滇西北的明永冰川属梅里雪山山系,深处我国青藏高原东南部生物多样性最为丰富的横断山区,是我国独有的低纬度、高海拔季风性冰川,在水平距离不到15公里的范围内,海拔垂直落差近5,000 m,其间无任何地理隔绝。在该分布区内,形成了完整的冰川-森林-干暖河谷垂直气候带,使得生物多样性集中体现在一个非常狭窄的区域内。本论文以明永冰川及其退却地区垂直气候带的微生物生态分布为研究对象,重点对该地区细菌群落的组成和结构进行了研究。论文首先通过经典微生物纯培养方法,利用四种不同的培养基从明永冰川地区共分离得到37,513株细菌,根据菌落形态分为391株,分离到的绝大部分菌株能在4℃-37℃生长,少部分仅能在4℃-25℃生长。研究结果表明,寡营养培养基PYGV分离得到的细菌种类多于LB和Organnic等富营养培养基,表明PYGV针对冰川地区细菌的分离与鉴定更为合适。对分离得到的部分菌株进行了鉴定,结果表明分离到的菌株大部分为革兰氏阴性菌,分布于4个菌门（变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、拟杆菌门）、4个菌纲（丫-变形菌纲、放线菌纲、芽孢杆菌纲、黄杆菌纲）、7个菌目（假单胞菌目、肠杆菌目、黄胞单菌目、链霉菌亚目、微球菌亚目、芽孢杆菌目、黄杆菌目）、7个菌科（假单胞菌科、肠杆菌科、黄胞单菌科、链霉菌科、短杆菌科、芽孢杆菌科、黄杆菌科）和7个菌属（假单胞菌属（Pseudomonas）、耶尔森氏菌属（Yersinia）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、链霉菌属（Streptomyces）、短杆菌属（Brevibacterium）、芽孢杆菌属（Bacillus）和黄杆菌属（Flavobacterium））,其中假单胞菌属最多,在已鉴定过的细菌中占比超过35%,其余6个属的细菌占比不到65%。最后,以分离的部分细菌为宿主对该地区可培养低温噬菌体进行了分离和性质研究,共分离得到6株在4℃仍然可以生长繁殖的低温噬菌体,并对它们的性质进行了初步研究。为进一步探讨针对该地区低温细菌更精细的分类鉴定方法,论文根据细胞膜质组成受温度影响显着的特点,利用来源于三个不同气候带的12株可培养低温细菌,通过气相色谱法分析了它们在低温培养条件下的膜不饱和脂肪酸组成情况,并以不饱和脂肪酸的组成对低温菌做了聚类分析。研究结果表明,绝大部分的细菌分类结果与16S rRNA基因构建的进化关系一致,证明利用膜不饱和脂肪酸组成能对该地区的低温细菌进行科学的分类。同时在研究中发现部分细菌利用新方法能得到比16S rRNA基因分析法更精细的分类地位,证明以膜质脂肪酸组成进行分类鉴定能更好的区分同一种属的低温细菌在亲缘关系上的远近。研究结果也同时证明了经过选择的这些低温细菌细胞膜中的不饱和脂肪酸的比例与温度成反比关系,即温度越低,不饱和脂肪酸的含量越大。虽然大部分不饱和脂肪酸成分与已报道过的其它低温细菌大致相同,但部分低温细菌的脂肪酸组分并不相同,这一现象值得在今后进行进一步研究。为更客观和全面地了解明永冰川地区不同垂直气候带细菌群落的组成和结构,论文采用16S rRNA基因V6高变区测序技术对明永冰川十一个样点的土壤样品的免培养细菌进行了检测和分析。重点对分布于三个垂直气候带中的四个代表性样品进行了分析。研究表明：在4个样品中共包含了21个菌门,42个菌纲,79个菌目,主要优势菌群包括Proteobacteria、Deinococcus-Thermus、Firmicutes、 Actinobacteria和Nitrospirae等5个菌门。其中Verrucomicrobia菌门为明永冰川独有,尚未在其它冰川微生物的研究中报道过。对不同气候带细菌群落组成通过16S rRNA基因V6高变区测序技术的分析表明,不同气候带的细菌组成主要在菌目这一级别就有显着差异,部分气候带的细菌群落组成甚至在菌门、菌纲这一级别都表现出明显差异,充分说明不同气候带细菌群落组成具有明显的特征。在菌科、菌属这一分类级别中,由于数量过于庞大反而难于归纳出各气候带的细菌群落组成特征。经过对处于优势地位的细菌群落分析后证明：在菌属这一级的分类中,棒状杆菌属（Corynebacteriu）、丙酸杆菌属（Propionibacterium）和链球菌属（Streptococcus）三个菌属在各个气候带排名前十优势菌属的组成上都有出现,说明它们在该地区分布最为广泛,与环境有较好的适应性。假单胞杆菌属（Pseudomonas）的细菌在所有样品中都有分布,但在排名前十的优势菌属中只有寒温带与接近寒带的样品中可以发现它们,初步表明此属细菌在低温的环境下能更好的生长,是该区域的优势种群之一,这一结果也间接印证了该地区可培养细菌分离的结果。在论文的最后,我们利用宏基因组测序的方法对位于中温带与寒带之间的寒温带的土壤样品进行了分析,在16S rRNA基因V6高变区测序技术分析结果中,此气候带的细菌多样性相对比较低,在优势细菌群落的组成上与相邻的两个气候带有较大不同。经过对总量约30G的测序数据进行整理分析后表明,仅针对细菌的物种注释该区域就发现了44个菌门和49个菌纲,证明了明永冰川地区有丰富的细菌多样性。经过对16S rRNA基因V6高变区的测序结果进行对比分析,发现主要的优势菌群在门、纲和目级三个分类级别中排名前十的细菌中,分别有6个菌门、5个菌纲和3个菌目组成相同,但是在具体到每个优势菌群所占比例上又有所差异,而在科或科以下的分类级别中,两种方法中排名前十的优势菌种几乎没有一致性。造成这一差异的原因可能存在以下几个方面：首先由于16SrRNA基因测序分析法必须经过一个PCR扩增过程,而不同细菌模板DNA的扩增倍数不一样,最佳扩增条件也可能不同；其次,两种方法的物种注释方法及数据库存在有明显的差别。总的来看,宏基因组测序所达到注释物种的覆盖率要远远大于16S rRNA基因V6高变区测序法所能达到的覆盖率。表明该方法对复杂生态环境中微生物群落研究具有更好的覆盖率,有利于更完整地体现特定生态环境中微生物的组成情况,只是该方法目前费用较高,从研究的经济性上有一定的限制。利用宏基因测序数据开展的代谢途径研究中我们发现本区域细菌中的热点信号通路多集中在了环境信息加工、遗传信息加工和新陈代谢三个方面；而在相关功能模块的统计中,在已知的功能基因中,氨基酸的运输与代谢相关的基因、信号的转导机制相关的基因和能量的生产和转变相关的基因排在前三位,这与信号通路中的热点基本吻合。对比各种方法得到的结果,纯培养方法在11个采样点分离得到的全部细菌来自于4个菌门,4个菌纲；免培养法的16S rRNA基因V6高变区高通量的测序分析在4个采样点得到的全部序列则来自于21个菌门,42个菌纲；宏基因组方法在一个采样点得到44个菌门,49个菌纲。从以上结果我们不难看出几种方法在研究细菌群落分布上各有各的特点：纯培养方法主要针对可培养微生物,在得到基本细菌组成的同时可以得到一批珍贵的可培养细菌,但得到的细菌种类受分离条件的限制,种类较少；而基于16S rRNA基因V6高变区的高通量测序分析的免培养法针对细菌,可以较为迅速和经济地得到一个区域内细菌种群的组成与结构信息,但对该地区细菌相关代谢通路及功能基因则无法了解；而宏基因组学方法则可以较为详细了解一个区域内的物种组成、代谢通路和功能基因,而且该方法的物种注释还可以扩展到除细菌外的其它微生物种群,有利于更全面地了解特定环境中所有生物群落的组成,但该方法依然受到检测价格高、样品总DNA的提取方法、测序手段的限制,而在得到海量数据后还受到生物信息分析技术、样品复杂度和测序深度的影响,当然随着技术的不断进步,我们相信宏基因组分析方法将是未来进行环境群落和代谢分析的重要手段。论文通过纯培养、免培养方法、膜不饱和脂肪酸组分分析法以及宏基因组等方法,对明永冰川不同气候带的细菌群落分布等进行了系统地调查和分析。首次从不同角度和尺度对低纬度、高海拔的明永冰川地区的细菌群落组成及多样性进行了调查,并对各个不同的垂直气候带之间的细菌群落的分布使用多种方法进行了综合研究。是从宏观到微观的一次系统性调查和资源收集,使得这一独特地理环境的微生物生态研究更加系统化。论文首次利用气相色谱法,根据膜不饱和脂肪酸组成的不同对该地区分离得到的12株低温细菌开展了分类学方法的研究,结果表明该方法的结果不仅与基于16S rRNA基因序列分析得到的结果一致,而且相比后者更为精细,是对该地区微生物尤其是低温细菌进行分类的一种重要方法,该方法也可望用于其它地区低温细菌的精细分类。研究中还分离得到了一批可培养的低温噬菌体及其宿主菌,积累了大量的微生物资源,为今后在实验室中进一步开展噬菌体的低温适应性机制、噬菌体与宿主的相互作用及噬菌体与宿主的协同进化机制等研究提供了珍贵的实验材料。本研究的结果不仅使得这一独特地理环境地区的微生物生态研究更加系统化,也为进一步在该地区开展生物地球化学、微生物生态学及挖掘微生物资源奠定了基础。
贾宪波[4]（2016）在《福州温泉嗜热菌多样性及嗜热菌Geobacillus thermoglucosidasius低温适应的机制》文中研究说明温泉是地球上一类重要的热环境,其高温和贫营养环境中生存着大量的嗜热微生物。嗜热菌是一类重要的微生物,在生存机制和应用方面都吸引着越来越多关注。地球上不同地区温泉嗜热菌组成差异很大,对不同地区温泉中嗜热菌多样性研究有利于加深对该类生态系统的认识。地芽孢杆菌属（Geobacillus）是温泉可培养嗜热菌中的优势菌,也是堆肥等热环境中的常见菌种,但是随着近年来在常温和寒冷环境中不断分离到Geobacillus属菌株,这类嗜热菌适应低温生存的机制引起人们关注。本论文通过调查福州三处温泉的嗜热菌多样性,发现Geobacillus属细菌在温泉热环境中广泛分布,在此基础上进一步研究了Geobacillus属细菌的低温适应机制。本文应用Illumina MiSeq平台检测福州大汤（DaTang）、汤埕（TangCheng）和双龙（ShuangLong）三处温泉水体中的细菌16S rDNA多样性,显示三处温泉中嗜热菌多样性丰富,其中丰度较大的嗜热菌有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、产水菌门（Aquificae）,硝化螺旋菌门（Nitrospirae）、装甲菌门（Armatimonadetes）,栖热菌门（Thermi）, GAL15菌门,酸杆菌门（Acidobacteria）,绿菌门（Chlorobi）,放线菌门（Actinobacteria）,绿弯菌纲（Chloroflexi）, OP1菌门,OD1菌门,拟杆菌门（Bacteroidetes）和EM3菌门。不同温泉之间细菌多样性差异较大,Pearson相关性分析和RDA分析显示三处温泉微生物多样性的差异与温泉温度、Na+、NO2和Mg2+等水体理化性质有关。对福州地区三个典型温泉：大汤温泉、汤埕温泉和双龙温泉温泉底泥中的可培养嗜热菌进行了研究,结果显示大汤温泉嗜热菌的种类多于汤埕,双龙温泉嗜热菌最少。进一步分析发现三个温泉嗜热菌多样性与pH,碱解氮和有效磷有关,pH越低,碱解氮和有效磷含量越高温泉中嗜热菌越丰富。所分离的32株嗜热菌隶属于6个不同的属,其中Geobacillus属和Anoxybacillus属菌株为福州温泉中的优势嗜热菌菌种。可培养方式和非可培养方式研究对比发现温泉中可培养菌只占非常小一部分,坚壁菌门中产芽孢细菌较易培养；栖热菌,变形菌等嗜热菌没有从现有的培养方式中得到纯培养物。改善可培养方式或者应用宏基因组学手段有利于进一步挖掘温泉嗜热菌基因资源。对分离的一株嗜热菌Geobacillus sp. CHB1进行了鉴定和基因组测序。该菌生长温度范围为47℃～74℃之间,最适生长温度为60℃。16S rDNA测序发现该菌与标准菌株Geobacillus thermoglucosidasius DSM2542T同源性最近为99.26%。该菌的G+C含量为49%,与Geobacillus thermoglucosidasius DSM25421基因组杂交率为75%。但是其与标准菌株Geobacillus thermoglucosidasius DSM25421在生理生化特征和细胞膜磷脂脂肪酸组成方面又有所不同,判断该菌株为Geobacillus thermoglucosidasius种的一个亚种。对Geobacillus sp. CHB1基因组进行测序,该菌株基因组长度为3.22M,编码4122个开放阅读框。为了研究Geobacillus sp. CHB1适应低温生长的机制。以Geobacillus sp. CHB1为目标菌株,应用适应性进化技术（Experimental evolution）向低于其最低生长温度的方向进化,经过6个月的实验得到了可以在430C温度下起始生长的进化菌株。进化菌株生长速度明显高于初始菌株。进化菌株Ec细胞膜磷脂脂肪酸在低温下表现出剧烈调整的倾向,iso 15：00在45℃低温生长时相对含量显着上升,这也从另一个方面证明了进化后的菌株对低温的适应能力更好。比较蛋白组学发现进化菌株与核苷酸相关的蛋白表达量上调,而与脂肪酸代谢相关的蛋白表现下调。蛋白组学结果与进化菌株表现出较高的生长速度和较强的脂肪酸调节能力是相一致的。在前期6个月进化的基础上,以Ec为出发菌株又继续向更低生长温度进行了12个月的进化实验。温度生长实验证明,液体培养条件下三个进化群体（F1、F2和F3）都可以在38-39℃之间稳定生长传代,固体平板实验证明进化群体中挑取的菌株F3可以在39℃温度条件下生长并形成菌落。这些证明,在Ec的基础上,经过12个月的进化实验,该菌的最低生长温度又下降了至少4℃。对进化群体Ec,F2和F3进行重测序分析,发现两个群体有15个共有的突变基因,其中7个基因在两个群体中突变位置不同,说明这些基因很可能在这个阶段适应低温的过程中起到重要的作用。比较基因组学发现MFS、DNA聚合酶p亚基、AB水解酶和肽酶等是独立适应低温进化的群体共有的突变基因,认为这些基因是与低温适应有关的潜在基因突变。从F3群体中挑取两个单菌落重测序,发现个体基因组中杂合子明显少于其对应的群体F3,说明在适应低温进化过程中群体内菌株间积累了大量的不同的突变,这些突变有些还没有在群体中固定下来。在这个阶段Ec适应更低温度的进化过程中还出现了一些突变体,F3群体中出现了细胞分裂被抑制的长线形菌体,通过比较基因组结果发现该群体中FtsK基因发生了倒位突变。这些结果加深了对嗜热菌适应低温的机制的理解。过氧化氢酶在独立进化的群体EA、EB和EC均表现出比初始菌株A高出20倍以上的过氧化氢酶活性。质谱鉴定证明起作用的过氧化氢酶是一种携带血红素的单功能过氧化氢酶,针对该基因的qPCR进一步证明其在进化菌株中高表达。进化菌株的发酵液和重组过氧化氢酶都显示出该过氧化氢酶在0℃～40℃温度范围内至少有40%以上的活性,表明该酶在Geobacillus低温生长时是以活性形式存在的。有研究表明过氧化氢酶可以促进一些常温菌在低温下的生存能力。我们认为适应性进化过程中群体中过氧化氢酶高表达个体的出现是一个重要事件,该过氧化氢酶高表达个体更能适应该个体出现时的低温环境,随着该适应低温个体在群体中占据统治地位出现了整个群体对低温适应性增强的现象。总之,适应低温进化后的Geobacillus sp. CHB1群体在多个水平表现出低温适应能力的增强：如起始生长温度的明显降低了约9℃,生长速度的明显提高,细胞膜脂肪酸调节能力的改变,过氧化氢酶表达量的提高及蛋白组水平上与核酸代谢和脂肪酸代谢相关蛋白的表达变化。可能原因是进化菌株在低温条件下的生长速度高于死亡速度。通过比较基因组学找到与物质转运相关的基因MFS、与DNA复制相关的基因、DNA聚合酶p亚基以及功能未知的AB水解酶和肽酶等基因的突变。这些基因是适应低温过程的关键基因,它们的突变如何影响生长参数、脂肪酸组成和蛋白质表达需要进一步研究。
周恩民[5]（2015）在《美国大盆地四热泉可培养高温细菌多样性及生态学研究》文中研究表明陆地热泉作为极端环境的典型代表,具有高温这一有别于其它生境的明显特征,蕴藏着丰富而独特的高温微生物资源。本研究在实验室前期对美国西部大盆地热泉系统微生物分子多样性的认识和对高温微生物培养经验的基础上,通过传统的纯培养技术首次对大盆地热泉系统中可培养高温细菌多样性进行了系统研究,同时结合代表性菌株的生理功能特征,对培养获得的主要类群栖热菌属菌株在热泉环境中的潜在生态功能进行了探索,另外获得绿弯菌门潜在新纲TK17类群的第一个纯培养物,并对该类群的生态分布进行了研究。本研究首先利用纯培养技术手段对大盆地地热区4个代表性热泉中可培养高温细菌多样性进行了系统研究。通过5种培养基6种不同的培养温度,从大盆地四个热泉19份不同样品中共计培养获得486株高温微生物菌株,依据菌株形态特征及分离样点的不同,挑选并完成了其中364株高温菌株的16S rRNA基因的测序工作,对其进行初步鉴定。依据测序菌株16S rRNA基因BLAST相似性比对结果和系统发育分析推测,测序菌株分布于细菌域下5个门、10个纲、20个科的31个不同的属中,包括：栖热菌属,热单胞菌属,热杆菌属,红栖热菌,绿弯菌属,泉单胞菌属,Eliora氏菌属,热海杆菌属,亚栖热菌属,甲基利用菌属,高温放线菌属,类芽孢杆菌属,井杆菌属,池杆菌属,产卟啉杆菌属,红杆菌属,玫瑰单胞菌属,微红色菌属,Schleifer氏菌属,中温无形菌属,中温菌属,中温单胞菌属,地芽胞杆菌属,厌氧芽胞杆菌属,水单胞菌属,沙单胞菌属,芽胞杆菌属,以及4个潜在的新属。其中栖热菌属的菌株数目最多,占测序总菌株数的52.47%。有36.8%的测序菌株与已描述的典型菌株的16S rRNA基因相似性小于98%,可能为潜在的新分类单元,包括1个潜在的新纲,4个潜在的新属,19个潜在的新种。接着对培养获得的优势类群栖热菌属菌株的多样性做了进一步分析,结果显示大盆地热泉中培养获得并测序的191株栖热菌可划分为65个基因型,Great Boiling Spring （GBS）和Little Hot Creek （LHC）两地区来源的栖热菌菌株存在一定的地理隔离现象,同时GBS中栖热菌基因型多样性要高于LHC,我们推测主要是由两地热泉水体滞留时间的差异导致的。依据菌株的系统发育位置以及分离地点的不同,选择22株代表性栖热菌菌株,检测其硝酸盐还原功能,三价铁还原功能,砷氧化功能以及硫的氧化和还原功能,以此来探讨该类群在大盆地热泉生态系统中潜在的生态功能。结果表明这些栖热菌菌株具有非常多样化的生理代谢特征,由此我们推测栖热菌类群参与了大盆地热泉环境中氮、铁、硫、砷等元素的代谢,对这些元素的循环转化起着重要作用。通过多相分类实验技术,确定了分离自LHC热泉的栖热菌属两个新菌株L198T和L423-2的分类地位,提出这两个菌株是栖热菌属的一个新菌种,并命名为Thermus sediminis sp. nov.典型菌株为L198T。通过全基因组测序得到典型菌株L198T的基因组草图,基因组大小为2,160,271 bp, GC含量为68.2%,共计4个contigs,4个scaffoldings,预测含有2251个蛋白编码基因,57个RNA基因,编码区占全基因组的94.1%。预计有1868个蛋白编码基因具有功能,占基因组总基因数目的80.9%。直系同源蛋白簇（Clusters of Orthologous Groups of Proteins, COG）分析结果显示有1618个蛋白编码基因成功获得COG功能注释,占基因组总基因数目的70.1%。进一步的功能分析结果显示该菌株基因组具有完整的糖酵解,糖异生途径,同时含有完整的三羧酸循环、磷酸戊糖途径等代谢通路。另外还含有大量的ABC Transporter以及胞外酶类基因,与菌株L198T营异养生活的特性相吻合。另外在基因组中发现与硫氧化代谢相关的基因簇（soxDCAXBXAZY）,与该菌株的硫代硫酸盐氧化特性相符合。从GBS热泉培养获得绿弯菌门一个潜在新纲TK17类群的第一个纯培养物,对代表性菌株G233的生理特征和基因组进行了研究,并对该类群的生态分布进行了探索。菌株G233最适生长温度在55-60℃,细胞呈杆状,大小为0.2-0.4μm X2.0-3.0μm。通过全基因组测序,得到菌株G233的基因组草图,大小为2.74 Mbp, GC含量为69.37%,共计1个scaffoldings,预测含有2656个蛋白编码基因,51个RNA基因,编码区占全基因组的92.05%,预计共有2172个蛋白编码基因有功能,占基因组总基因数目的80.24%。通过分析公共数据库中与TK17类群相关的16S rRNA基因序列信息,发现该类群在全球范围内具有较广泛的生态分布,可能在海洋环境中丰度较高；系统发育分析表明TK17类群至少包含4个目一级别的分类群,其中菌株G233代表着TK17Omlel-48分类群；TK17类群在全球地热系统中均有分布,但其丰度相对较低。本研究揭示了美国西部大盆地热泉系统中可培养高温细菌的多样性,特别是栖热菌类群、绿弯菌门TK17类群的多样性,生理功能及基因组特征,对于我们进一步理解热泉高温环境微生物多样性,栖热菌类群在热泉高温环境中的潜在生态功能以及TK17类群的生态分布具有重要意义。
明红[6]（2015）在《云南腾冲热泉嗜热原核微生物资源挖掘和高温木聚糖酶筛选》文中研究说明热泉生境具有高温特点,所蕴含的丰富嗜热微生物,具有特殊的生理机制和独特的基因,是发现未知或具有特殊功能酶类的理想地。木聚糖酶是重要的工业酶制剂,应用广泛,但当前存在着热稳定性差的局限性。本研究以腾冲热泉群为研究对象,通过纯培养分离、基因组学和宏基因组学方法系统地开展热泉生境嗜热原核微生物资源的分离与培养、耐高温木聚糖酶筛选的研究。以腾冲8个热泉为研究对象,研究热泉环境微生物群落的底物代谢差异、功能多样性指数、主成分分析和聚类分析,了解不同热泉环境微生物群落多样性与代谢特征。结果表明,8个热泉环境微生物群落分为三种代谢类型。根据微生物群落代谢特征,设计出四类13种分离培养基用于分离6个腾冲热泉中嗜热原核微生物资源。共分离出634株嗜热原核微生物,经鉴定这些菌株分别属于厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、异常球菌-栖热菌门（Deinococcus-Thermus）、放线菌门（Actinobacteria）和绿弯菌门（Chloroflex）的7个纲,11个目,19个科,32个属以及19个潜在的新分类单元。筛选木聚糖酶活性菌株,上述直接分离热泉样品所得菌株中筛选木聚糖酶活性菌株,阳性率为9.1%；以玉米芯、麸皮和桦木屑为底物的富集处理1和富集处理2,活性菌株筛选阳性率为11.4%和45.7%。研究Geobacillus sp. YIM 71344发酵所产木聚糖酶的酶学性质,结果表明酶的最适反应温度为80-C,最适反应pH为6.0和9.0；可在70℃和pH6.0-12.0耐受下保持较高酶活力,可特异性降解不同来源的木聚糖底物。对Meiothermus sp. YIM 71147和Geobacillus sp. YIM 71344进行基因组测序,发现这两株菌中有相当数量的基因与木聚糖的降解有关。共从中预测到3个木聚糖酶基因：xynGL001395、xynGL002415 和 xynGL002429,并对3个酶基因序列进行了分析,结果表明这3个木聚糖酶基因均属于GH10家族,具有典型的（a/β）8结构。宏基因组数据分析表明,金泽热泉中主要微生物类群包括细菌和古菌,供销社热泉中主要微生类群为细菌,两个热泉共有主要微生物类群是厚壁菌门（Firmicute）和变形菌门（Proteobacteria）。金泽热泉共探测到44个木聚糖酶基因序列,85%的基因序列具有新颖性；供销社热泉共探测到18个木聚糖酶基因序列,均具有新颖性,这两个热泉来源的木聚糖酶基因主要属于GH10家族。本研究的实施可加强对我国高温热泉生境微生物与酶资源的挖掘、开发及利用。
刘兰[7]（2015）在《云南腾冲及西藏曲才地热区可培养高温厌氧细菌多样性研究》文中进行了进一步梳理云南和西藏是我国重要的地热分布区,这里孕育着丰富的高温微生物资源,对其进行研究不仅有助于高温菌资源的开发和利用,还可以获得有关其演化的重要信息。目前用免培养和纯培养方法对高温好氧细菌有了较为深入的研究,而对高温厌氧细菌的研究则处于起步阶段。本论文通过对热泉样品厌氧细菌分离和培养技术的摸索与优化,形成了分离和培养高温厌氧细菌可靠的技术路线,并利用此种纯培养技术对云南腾冲热海、瑞滇及西藏曲才共18个高温热泉进行了高温厌氧细菌多样性的研究。从以上18个热泉中共分离出51株细菌,利用16S rRNA基因序列系统发育分析对所有菌进行了初步鉴定,确定了其分类地位。结果表明,这51株细菌分别属于厌氧芽孢杆菌属（Anoxybacillus9株）、芽孢杆菌属（Bacillus15株）、一氧化碳胞菌属（Carboxydocella1株）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium4株）、杂乱杆菌属（Effusibacillus2株）、肠球菌属’Enterococcus1株)、加西氏菌属（Garciella1株）、栖温境单胞菌属（Tepidimonas1株）、好热厌氧小杆菌属（Thermoanaerobacterium5株）、高温放线菌属（Thermoactinomyces1株）、热单胞菌属（Thermomonas1株）、热分支菌属（Thermobrachium3株）和喜热菌属（Caloramator7株）,其中厌氧芽孢杆菌属（Anoxybacillus）禾口芽孢杆菌属Bacillus)的菌株居多。这些菌株大多为已知的高温厌氧菌,有7株菌与已知的高温厌氧菌16S rRNA基因序列同源性最高介于93.26-98.45%,系统发育分析表明这些菌株为潜在的新分类单元。选择2个候选新分类单元菌株进行了包括形态特征与培养特征观察,生理生化测定、细胞化学组分分析和16S rRNA基因序列系统发育分析等在内的多相分类研究,确定了2个菌株的分类地位,菌株YIMG1-1T为加西亚氏属（Garci lla）的一个新种,被命名为Garcilla tengchongensis sp. nov.,菌株YIM A1-8T为Clostridium的一个新种,被命名为Clostridium tengchongensis sp. nov.本次研究获得了一批高温厌氧细菌菌株,丰富了我国的高温厌氧菌资源,为进一步探索其多样性特征、地理分布规律及应用奠定了基础。
李秋敏[8]（2014）在《云南热带和亚热带户用沼气池的原核微生物多样性比较研究》文中研究指明目前，人们对不同地理区域及气候条件下的沼气发酵系统中的微生物群落结构、组成与动态，以及其与环境生物与非生物因子的相关性认识有限，即对沼气发酵系统的生态学基本问题认识不够全面。为此针对上述问题，结合云南沼气发酵应用的独特地理、气候优势与特征，以及良好的前期工作基础，本文采用免培养的微生物分子生态学方法与技术（PCR-DGGE技术和16S rRNA基因克隆文库技术），系统地比较分析了云南热带、亚热带代表性气候区域的农村户用沼气池中的原核生物群落结构、组成与动态，并分析了其与环境生物与非生物因子的相关性，进而探讨了影响不同沼气池中原核生物群落时空动态的主要因素，以及不同沼气池中微生物类群存在差异的原因。具体研究内容、研究结果如下：⑴DGGE初步分析户用沼气池原核微生物多样性：采用DGGE对云南热带（景洪）和亚热带（建水）的户用沼气池活性污泥进行了原核微生物多样性的初步分析，分析结果显示：细菌比古菌具有更丰富的多样性，同一气候区域的沼气池古菌多样性差异小于细菌，亚热带（建水）的沼气池细菌多样性差异和古菌多样性差异均小于热带（景洪）；不同气候区域的沼气池细菌和古菌的多样性因取样沼气池发酵状态、原料、进料情况、启用时间等的不同而呈现不同的聚类情况，细菌多样性的差异可能主要与发酵原料、启用时间、池温等因素有关，而古菌多样性差异受发酵参数影响较小。此外发酵液中仅COD含量与沼气池中古菌的多样性呈负相关，其他理化因子对细菌古菌多样性影响较小。⑵16S rRNA基因克隆文库技术分析农村户用沼气池原核微生物多样性：采用16S rRNA基因克隆文库技术对云南（北）热带和（南）亚热带代表性沼气池样品的细菌和古菌多样性进行了深入的研究，结果表明：两个气候区域的农村户用沼气池均具有丰富的古菌和细菌多样性，且细菌的多样性明显高于古菌；经分析统计两个气候区域的沼气发酵系统中大部分细菌均为未培养细菌，优势细菌类群是拟杆菌门、绿弯菌门、厚壁菌门和变形菌门；古菌主要的优势类群是甲烷八叠球菌目的鬃毛甲烷菌属；此外，还检测到少量未培养的泉古菌门细菌；沼气池细菌和古菌的多样性因发酵原料、启用时间、COD含量等因素的影响而存在差异。⑶不同季节不同发酵状态的户用沼气池原核微生物多样性初步分析：①采用显微镜直接计数法对不同季节（冬季和夏季）下不同气候区域（景洪和建水）不同发酵状态（发酵正常和不正常）的农村户用沼气池中的微生物进行了计数和形态的观察，结果显示：不正常发酵样品的微生物数量明显多于正常发酵样品，夏季样品的微生物数量多于冬季样品；②采用DGGE对其细菌和古菌的多样性变化进行了初步监测和比较，结果显示：不同气候区域、不同季节（冬季和夏季）、发酵正常与不正常的的样品之间存在一定的差异和联系，影响沼气池是否发酵正常的可能主要是细菌，而非古菌。以上实验结果一方面为云南各代表性区域高效沼气发酵系统的设计与建立提供理论指导，另一方面为云南沼气发酵相关微生物资源的收集、保藏、研究与利用奠定基础。
马丽英[9]（2013）在《甘肃省农村户用沼气池及其发酵原料微生物群落结构的研究》文中提出人类对能源的需求日益增长,传统的化石能源却迅速减少,沼气技术是我国应对农村能源危机和环境污染等问题的有效途径。沼气发酵过程由细菌和产甲烷古菌的互养合作催化完成,微生物群落结构知识的匮乏直接阻碍了工程和工艺的改进进程,致使农村沼气系统运行效率低、可控性差及“越冬难”等问题难以解决。因此,研究沼气池及其发酵原料中微生物群落组成不仅具有理论意义,更具有巨大的经济效益。目前,嗜中温沼气池产甲烷菌多样性已得到广泛研究,但是对于低温沼气池以及发酵原料中细菌和古菌群落结构的研究却很少。本研究利用16S-rDNA克隆文库的分子生物学方法对甘肃临夏以猪粪、牛粪为主要发酵底物的嗜中温（夏季）和低温（冬季）农村户用沼气池及其粪便原料中的微生物群落结构进行研究。主要研究结果如下：1.揭示了中、低温农村户用沼气池的微生物多样性和群落结构。在12个沼气池中共检测到353个细菌类群（隶属于14个门）和20个古菌类群（隶属于6个属）；优势类群分别为Methanomicrobiales（古菌）和Firmicutes、Bacteroides、 Proteobacteria（细菌）。结果表明农村户用沼气发酵系统微生物种类非常丰富,细菌多样性高于古菌。相似性指数（Jaccard index;细菌：0.15-0.31,古菌：0.01-0.50）和主成分（PCA）的分析结果说明不同沼气池的微生物群落结构和多样性存在明显差异。2.分析了低温与中温沼气池、猪粪池与牛粪池产甲烷功能菌群结构,发现它们的优势菌群差异显着。耐寒菌Methanogenium和Methanocorpusculum的丰度在低温沼气池中明显高于嗜中温沼气池,而嗜中温菌属Methanoplanus的丰度在嗜中温沼气池中明显高于低温沼气池；猪粪池中以Methanocorpusculum为绝对优势菌群,而牛粪池的古菌类群分布则较为均匀。3.阐释了农村户用沼气池的主要甲烷代谢途径。各沼气池优势产甲烷菌群均为氢营养型的甲烷微菌目成员,因此,氢依赖型甲烷合成通路为主要的甲烷代谢途径。4.了解了单阶段农村户用沼气池中关键微生物菌群的相互作用。纤维素、蛋白质和脂肪酸等复杂有机物的降解主要由Firmicutes、Bacteroides等细菌完成,酸化作用主要由Proteobacteria和Synergistetes等类群完成：产甲烷作用主要由Methanomicrobiales成员完成。5.研究了中、低温条件下猪粪和牛粪的微生物多样性和群落结构。4个粪便样品中共检测到290个细菌类群（隶属于11个门）和13个古菌类群（隶属于5个属）。优势类群分别为Methanomicrobiales（古菌）和Firmicutes、Bacteroides、 Proteobacteria（细菌）。结果表明猪粪和牛粪中微生物种类丰富,细菌多样性高于古菌,猪粪微生物多样性高于牛粪。Jaccard index（细菌：0.12-0.24,古菌：0.33-0.55）和PCA结果说明不同粪便的微生物群落结构和多样性存在明显差异。6.系统发育结果表明猪粪和牛粪中某些细菌类群呈现出相似的温度（季节）差异性。β-、γ-、δ-、ε-Proteobacteria、Verrucomicrobia、Chloroflexi的类群丰度低温大于中温,Firmicutes、Bacteroidetes、Lentisphaerae、Tenericutes的类群丰度中温大于低温。7.揭示了沼气池与其粪便底物微生物群落的相关性。首先,沼气池的微生物群落主要源于其粪便底物,二者具有相似的群落结构和相同的优势类群；其次,二者在细菌优势类群Firmicutes、Bacteroides和Proteobacteria的丰度上呈现相反的变化趋势,且粪便中存在绝对优势类群,沼气池中优势类群分布则趋于均匀化；再者,粪便中以降解纤维素的Firmicutes为主,沼气池中降解小分子化合物的Proteobacteria丰度明显上升,推测沼气发酵过程中对小分子化合物的降解比例明显升高。8.以粪便为主要发酵底物的农村户用沼气池有其独特的发酵特征。沼气池粪便底物比重较大故pH较高（7.92-8.26）,池内温度（30-40℃）随环境温度呈现一定波动性；由此造成微生物活性降低、群落结构不稳定,发酵进程减缓,滞留时间延长（70-80天）,最终导致产气不稳定产气量降低等现象。综上所述,本研究首次较全面的阐述了以猪粪、牛粪为主要底物的嗜中温和低温农村户用沼气池及其发酵原料中的微生物群落结构和多样性,揭示了沼气池与其发酵原料菌群结构的相关性,初步分析了沼气发酵主要功能菌群的相互作用等；为农村户用沼气发酵的推广和高效运行提供一定的理论基础。
周慧杰[10]（2012）在《拜城盐山放线菌物种多样性及其抗植物病原真菌菌株的筛选》文中指出本研究以拜城盐山土样为研究对象，采用免培养和可培养相结合的方法来分析拜城盐山放线菌的物种多样性，并获得盐山环境中的放线菌物种资源。以免培养所得到的放线菌多样性结果为基础来指导放线菌的分离培养，有针对性的获取新疆拜城盐山放线菌物种资源。以农业生产上危害较为严重的植物病原菌为靶标，筛选拮抗放线菌菌株，为极端环境下放线菌的开发利用提供技术支撑和菌种支持。得到如下结果：（1）利用PCR-RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性片段长度多态性）免培养方法分析盐山样品中放线菌多样性。通过构建克隆文库，共得到216个放线菌克隆，分布于放线菌纲的两个亚纲中，即放线菌亚纲171个克隆，占总克隆数的79.2%；酸微菌亚纲45个克隆，占总克隆数的20.8%，所获得的16S rDNA基因序列与GenBank中已知的微球菌序列的最大相似度小于92%，为新的酸微菌亚纲的放线菌类群。样品中的优势放线菌为放线菌亚纲棒杆菌亚目诺卡氏菌科的红球菌属，占到克隆总数的51.9%。文库中的序列有24.5%的16S rDNA基因序列与已有效发表放线菌的序列相似性低于97%，代表着放线菌新的种类，部分序列形成了几个独立的进化分支，可能代表着具有更高分类地位的放线菌类群。（2）采用9种培养基以6种盐度梯度分离培养盐山样品中的放线菌。通过纯化培养，共获得35株放线菌。经过初步鉴定，这35株放线菌分布于放线菌目的4个亚目中。链孢囊菌亚目的菌株数量最多，其中拟诺卡氏菌属有17株；链霉菌亚目中的链霉菌属有4株，链单孢菌属有4株；放线多孢菌亚目中的放线多孢菌属有3株，盐放线孢菌属有3株；假诺卡氏菌亚目中的糖单孢菌属有4株。35株放线菌中的4株为潜在的放线菌新物种。（3）对从盐山样品中分离到的35株放线菌进行拮抗棉花枯萎病、棉花黄萎病以及辣椒疫霉病病原菌的筛选，其中的3株放线菌对这三种植物病原真菌具有很好的拮抗活性。
二、从腾冲热海免培养获得的5个16 S rDNA克隆分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、从腾冲热海免培养获得的5个16 S rDNA克隆分析（论文提纲范文）
（1）云南保山荷花温泉放线菌的物种多样性分析及其生物活性成分研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 绪论 |
| 1 放线菌的定义 |
| 2 中国温泉放线菌物种多样性及其酶活性、抗菌活性研究现状 |
| 3 本研究的主要工作与意义 |
| 第一章 云南保山荷花温泉放线菌的物种多样性 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 荷花温泉放线菌的物种多样性 |
| 3 讨论 |
| 第二章 云南保山荷花温泉放线菌的生物活性和化学筛选 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 荷花温泉放线菌菌株的产酶特性 |
| 2.2 荷花温泉放线菌的抗菌活性 |
| 2.3 菌株发酵液乙酸乙酯粗浸膏的高效液相色谱(HPLC)指纹图谱分析 |
| 3 讨论 |
| 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 综述:中国温泉微生物物种多样性及其酶活性研究 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文和研究成果 |
（2）高通量测序分析云南腾冲热海热泉微生物多样性（论文提纲范文）
| 1材料与方法 |
| 1.1样品采集及环境因子测定 |
| 1.2主要试剂和仪器 |
| 1.3样品基因组提取 |
| 1.4 16S rRNA基因扩增子测序 |
| 1.5测序数据分析 |
| 2结果与分析 |
| 2.1热泉理化参数特征及16S rRNA基因序列多样性 |
| 2.2腾冲热海热泉微生物多样性分析 |
| 2.3腾冲热海热泉微生物群落结构相似度分析 |
| 2.3.1微生物组成α多样性分析 |
| 2.3.2微生物群落结构差异分析 |
| 2.3.3微生物群落结构热图分析 |
| 3讨论 |
| 3.1微生物组成多样性 |
| 3.2功能微生物组成多样性 |
| 4结论 |
（3）明永冰川及其退却地区垂直气候带的细菌群落多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词索引表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 微生物与生态环境 |
| 1.1.1 微生物的分布 |
| 1.1.2 我国气候带分布特征与微生物生态 |
| 1.1.3 西南地区气候带分布特征与微生物生态 |
| 1.1.4 气候带之间群落的演替 |
| 1.2 明永冰川及其退却地区垂直气候带特征与微生物生态 |
| 1.2.1 横断山脉与山地垂直带 |
| 1.2.2 冰川的形成与分布 |
| 1.2.3 明永冰川及其退却地区垂直气候特征与微生物生态 |
| 1.3 低温环境与低温微生物的特征与分布 |
| 1.3.1 低温微生物的生态及主要类群的研究现状 |
| 1.3.2 低温微生物适应性的分子机制的研究现状 |
| 1.4 细菌群落研究方法 |
| 1.4.1 纯培养法 |
| 1.4.2 细菌与噬菌体的多样性研究 |
| 1.4.3 基于细胞膜磷脂不饱和脂肪酸组成的细菌分类法 |
| 1.4.4 基于16S rDNA高变区序列分析的细菌分类法 |
| 1.4.5 基于宏基因组学的细菌群落分析法 |
| 1.5 冰川细菌多样性与环境中非生物因子的相关性研究 |
| 1.6 论文的研究意义、主要内容和技术路线 |
| 1.6.1 论文的研究意义和主要内容 |
| 1.6.2 技术路线 |
| 第二章 明永冰川低温细菌及噬菌体的分离与鉴定 |
| 2.1 纯培养法分离低温细菌 |
| 2.1.1 样品的采集及处理 |
| 2.1.2 分析方法 |
| 2.1.3 结果 |
| 2.1.4 讨论 |
| 2.1.5 小结 |
| 2.2 低温噬菌体的分离纯化与初步鉴定 |
| 2.2.1 低温噬菌体的分离与鉴定 |
| 2.2.2 低温噬菌体生物学特性研究 |
| 2.2.3 结果 |
| 2.2.4 讨论 |
| 2.2.5 小结 |
| 第三章 气相色谱法对低温细菌细胞膜磷脂不饱和脂肪酸的多样性研究 |
| 3.1 实验材料与分析方法 |
| 3.1.1 低温菌菌种来源 |
| 3.1.2 低温菌不饱和脂肪酸的甲酯衍生化 |
| 3.1.3 GC-MS分析条件 |
| 3.1.4 细菌不饱和脂肪酸分析聚类分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 低温菌菌种信息 |
| 3.2.2 低温菌脂肪酸的气相色谱分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 明永冰川不同气候带免培养细菌群落多样性研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样品的采集 |
| 4.1.2 DNA的提取 |
| 4.1.3 PCR扩增16S rRNA基因V6高变区 |
| 4.1.4 物种分类和丰度分析 |
| 4.1.5 样品复杂度分析 |
| 4.1.6 样品间复杂度比较分析(n≥2) |
| 4.1.7 样品间复杂度差异主要因子分析(n≥3) |
| 4.1.8 不同样品物种组成聚类分析(n≥3) |
| 4.1.9 测序序列的系统发育分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.0 16S rRNA基因V6高变区扩增结果 |
| 4.2.1 物种分类和丰度分析结果 |
| 4.2.2 明永冰川四个样品的后续多样性分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 宏基因组学测序方法初步研究明永冰川地区细菌功能基因多样性 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 样品与DNA的提取 |
| 5.1.2 样品的DNA的测序 |
| 5.1.3 数据预处理 |
| 5.1.4 组装 |
| 5.1.5 基因预测 |
| 5.1.6 KEGG分析 |
| 5.1.7 eggnog分析 |
| 5.2 结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 总结与展望 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录A 攻读博士期间科研成果 |
| 附录B |
（4）福州温泉嗜热菌多样性及嗜热菌Geobacillus thermoglucosidasius低温适应的机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 嗜热菌多样性研究现状 |
| 1.1.1 嗜热菌 |
| 1.1.2 嗜热菌研究意义 |
| 1.1.3 温泉嗜热菌 |
| 1.1.3.1 温泉嗜热菌多样性 |
| 1.1.3.2 温泉嗜热菌多样性研究方法 |
| 1.1.3.3 不依赖培养的方式间接研究温泉菌多样性 |
| 1.1.4 嗜热菌温度适应机制研究 |
| 1.2 嗜热菌温度适应机制的研究方法与适应性进化技术 |
| 1.2.1 嗜热菌温度适应机制的研究方法 |
| 1.2.1.1 温度胁迫下的表达变化 |
| 1.2.1.2 比较基因组学方法研究嗜热菌温度适应机制 |
| 1.2.2 适应性进化(Experimental evolution)研究嗜热菌温度适应机制 |
| 1.3 Geobacillus属研究进展 |
| 1.3.1 Geobacillus的定义 |
| 1.3.2 Geobacillus spp.应用 |
| 1.3.3 Geobacillus遗传转化体系研究进展 |
| 1.3.4 Geobacillus低温适应性及研究进展 |
| 1.4 本研究的内容和意义 |
| 第2章 福州温泉细菌多样性 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.1.2.1 水体取样及样品处理 |
| 2.1.2.2 温泉水体中总细菌的16S rDNA高通量测序 |
| 2.1.2.3 温泉细菌多样性与温泉泉水理化性质的关系 |
| 2.1.2.4 温泉底泥取样及处理 |
| 2.1.2.5 可培养菌株16S rDNA序列的扩增、测序及比对 |
| 2.1.2.6 细菌系统发育分析 |
| 2.1.2.7 可培养细菌种类数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 温泉水非可培养细菌多样性 |
| 2.2.1.1 温泉水理化性质分析 |
| 2.2.1.2 水体样品基因组的提取与扩增 |
| 2.2.1.3 Illumina MiSeq高通量测序数据处理 |
| 2.2.1.4 各温泉水样中细菌分类学分析 |
| 2.2.1.5 温泉微生物多样性与水体理化性质的相关性 |
| 2.2.2 温泉底泥样品可培养细菌多样性 |
| 2.2.2.1 采样点环境 |
| 2.2.2.2 三处温泉底泥理化性质分析 |
| 2.2.2.3 培养嗜热菌种属多样性 |
| 2.2.2.4 培养嗜热菌的系统进化分析 |
| 2.2.2.5 培养嗜热菌种类数目与环境关系 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 福州温泉非可培养细菌多样性影响因素 |
| 2.3.2 可培养菌多样性与非可培养多样性的比较 |
| 2.3.3 福州温泉细菌多样性与国内外温泉微生物的比较 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 嗜热菌Geobacillus sp.CHB1的低温适应机制 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 菌株和试剂 |
| 3.1.2 Geobacillus sp.CHB1多相鉴定 |
| 3.1.2.1 样品分离与保藏 |
| 3.1.2.2 Geobacillus sp.CHB1的表型和生理生化特征鉴定 |
| 3.1.2.3 Geobacillus sp.CHB1的16S rDNA鉴定 |
| 3.1.2.4 细胞膜磷质脂肪酸鉴定 |
| 3.1.2.5 基因组G+C百分含量测定 |
| 3.1.2.6 Geobacillus sp.CHB1与近缘种的基因组杂交 |
| 3.1.3 菌株CHB1适应低温进化 |
| 3.1.3.1 初始菌株的准备 |
| 3.1.3.2 适应低温进化实验 |
| 3.1.3.3 适应低温生长的进化菌株的获取 |
| 3.1.3.4 菌体生长曲线绘制 |
| 3.1.3.5 脂肪酸的测定 |
| 3.1.3.6 菌体总蛋白的提取 |
| 3.1.3.7 总蛋白的SDS-PAGE电泳 |
| 3.1.3.8 总蛋白的2-D电泳 |
| 3.1.3.9 基因组测序 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 菌株CHB1的鉴定 |
| 3.2.1.1 菌株CHB1菌株表型特征 |
| 3.2.1.2 菌株CHB1的生理生化特征 |
| 3.2.1.3 CHB1的16S rDNA同源性鉴定 |
| 3.2.1.4 细胞膜磷脂脂肪酸组成分析 |
| 3.2.1.5 CHB1与其它标准菌株基因组水平的差异 |
| 3.2.1.6 菌株CHB1种属确定 |
| 3.2.2 CHB1基因组特征 |
| 3.2.3 菌株Geobacillus sp.CHB1的低温适应机制 |
| 3.2.3.1 Geobacillus sp.CHB1的适应性进化 |
| 3.2.3.2 进化菌株的确认 |
| 3.2.3.3 进化菌株细胞膜磷脂脂肪酸水平变化 |
| 3.2.3.4 蛋白组水平的变化 |
| 3.2.3.5 比较基因组学分析Geobacillus sp.CHB1低温适应机制 |
| 3.2.3.6 进化群体和进化个体的基因组水平的比较 |
| 3.2.3.7 低温进化过程中表型改变 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 过氧化氢酶与低温适应性 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 初始菌株和进化菌株的获取 |
| 4.1.3 过氧化氢酶活性比较 |
| 4.1.4 过氧化氢酶基因转录水平的测定 |
| 4.1.5 过氧化氢对菌株生长的影响 |
| 4.1.6 过氧化氢酶反应温度和pH测定 |
| 4.1.7 过氧化氢酶基因的克隆和表达 |
| 4.1.8 重组过氧化氢酶的纯化 |
| 4.1.9 重组过氧化氢酶的动力学常数测定 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 初始菌株与进化菌株产过长氧化氢酶能力比较 |
| 4.2.2 过氧化氢酶基因在翻译和转录水平的变化 |
| 4.2.3 过氧化氢酶基因的克隆 |
| 4.2.4 载体构建及表达 |
| 4.2.5 菌株过氧化氢耐受性的改变 |
| 4.2.6 过氧化氢酶的性质 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（5）美国大盆地四热泉可培养高温细菌多样性及生态学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 综述 |
| 1.1 极端环境和极端微生物 |
| 1.2 高温微生物及其研究意义 |
| 1.3 栖热菌类群及其研究进展 |
| 1.4 绿弯菌门潜在新纲TK17类群 |
| 1.5 美国大盆地(Great Basin)地热区 |
| 1.6 美国大盆地(Great Basin)地热区热泉微生物研究进展 |
| 1.7 本研究的目的与意义 |
| 第二章 美国大盆地四热泉可培养高温细菌多样性分析 |
| 2.1 热泉样点基本信息及样品采集 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 分离培养基 |
| 2.2.2 分离方法及培养条件 |
| 2.2.3 菌株的纯化与保藏 |
| 2.2.4 菌株基因组DNA的提取以及16S rRNA基因的扩增与测序 |
| 2.2.5 菌株16S rRNA基因序列处理与多样性分析 |
| 2.2.6 基于菌株16S rRNA基因序列的初步鉴定与系统发育分析 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 分离菌株多样性及系统发育分析 |
| 2.3.2 不同样点之间分离菌株多样性比较 |
| 2.3.3 不同培养温度之间分离菌株多样性比较 |
| 2.3.4 不同分离培养基之间分离菌株多样性比较 |
| 2.3.5 潜在新分类单元 |
| 2.3.6 美国大盆地与中国腾冲热泉可培养细菌多样性比较 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 美国大盆地热泉Thermus类群多样性及其潜在生态功能研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验菌株与培养 |
| 3.1.2 Thermus菌株多样性分析 |
| 3.1.3 Thermus菌株反硝化功能检测 |
| 3.1.4 Thermus菌株铁还原功能检测 |
| 3.1.5 Thermus菌株砷氧化功能检测 |
| 3.1.6 Thermus菌株硫氧化与还原功能检测 |
| 3.2 结果与讨论 |
| 3.2.1 Thermus菌株多样性评价 |
| 3.2.2 Thermus菌株反硝化特性 |
| 3.2.3 Thermus菌株铁还原特性 |
| 3.2.4 Thermus菌株砷氧化特性 |
| 3.2.5 Thermus菌株硫氧化与还原特性 |
| 3.3 本章小结 |
| 第四章 Thermus属两个新菌株的鉴定及全基因组分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 菌株培养特征及形态观察 |
| 4.1.3 菌株生理生化特征实验 |
| 4.1.4 菌株化学分类特征实验 |
| 4.1.5 菌株分子分类特征 |
| 4.1.6 菌株L198~T全基因组测序与拼装 |
| 4.1.7 菌株L198~T全基因组注释与分析 |
| 4.2 结果与讨论 |
| 4.2.1 菌株系统发育位置 |
| 4.2.2 菌株培养特征及形态 |
| 4.2.3 菌株生理生化特征 |
| 4.2.4 菌株化学分类特征 |
| 4.2.5 菌株L198~T全基因组特征与分析 |
| 4.2.6 菌种描述 |
| 4.3 本章小结 |
| 第五章 绿弯菌门潜在新纲TK17的全基因组及生态分布研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 菌株G233培养特征及形态观察 |
| 5.1.3 菌株G233系统发育分析 |
| 5.1.4 绿弯菌门TK17生态分布分析 |
| 5.1.5 菌株G233全基因组测序、拼装、注释与分析 |
| 5.2 结果与讨论 |
| 5.2.1 菌株G233培养特征及形态 |
| 5.2.2 菌株G233系统发育位置 |
| 5.2.3 绿弯菌门TK17生态分布 |
| 5.2.4 菌株G233全基因组特征 |
| 5.3 本章小结 |
| 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 成果目录 |
| 致谢 |
（6）云南腾冲热泉嗜热原核微生物资源挖掘和高温木聚糖酶筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 高温菌与高温酶的筛选 |
| 1.1.1 嗜热菌概述与研究现状 |
| 1.1.2 热泉生境中高温酶的研究 |
| 1.2 木聚糖和木聚糖酶 |
| 1.2.1 木聚糖 |
| 1.2.2 木聚糖酶与来源 |
| 1.2.3 木聚糖酶的结构 |
| 1.2.4 木聚糖酶的应用 |
| 1.2.5 木聚糖酶的研究现状与问题 |
| 1.2.6 耐高温木聚糖酶的筛选与研究 |
| 1.3 云南腾冲地热区特征及嗜热菌研究现状 |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 第二章 Biolog ECO法研究腾冲部分热泉嗜热微生物的代谢特征 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 样点的采集及样点基本信息 |
| 2.1.2 Biolog微孔板与主要仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 热泉样品悬浮液的制备、接种培养与实时检测 |
| 2.2.2 AWCD值的计算 |
| 2.2.3 微生物群落代谢多样性指数分析 |
| 2.2.4 各个样点代谢结构特征的聚类分析 |
| 2.2.5 各个样点代谢结构特征的主成分分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 不同热泉环境微生物群落对全部碳源的利用 |
| 2.3.2 不同热泉环境微生物群落对同一类型底物的代谢能力差异分析 |
| 2.3.3 各个热泉环境微生物群落对不同类型底物的代谢能力差异分析 |
| 2.3.4 不同热泉环境微生物群落代谢功能多样性分析 |
| 2.3.5 不同热泉环境微生物功能多样性主成分分析 |
| 2.3.6 不同热泉环境微生物群落利用碳源的聚类分析 |
| 2.4 讨论与小结 |
| 第三章 部分热泉可培养嗜热原核微生物的分离与鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 热泉样品来源及样点信息 |
| 3.1.2 分离培养基的设计 |
| 3.1.3 样品的处理与分离培养 |
| 3.1.4 菌株的分离、纯化与保藏 |
| 3.1.5 纯化菌株基因组DNA的提取 |
| 3.1.6 纯化菌株16S rRNA基因的PCR扩增及测序 |
| 3.1.7 纯化菌株基于16S rRNA基因序列的系统发育分析 |
| 3.1.8 候选新物种多相分类鉴定 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 六个腾冲热泉环境嗜热原核微生物分离结果与多样性分析 |
| 3.2.2 不同热泉样点嗜热微生物多样性比较分析 |
| 3.2.3 不同分离培养基对热泉嗜热原核微生物分离的影响 |
| 3.2.4 新物种Laceyella calidiresistens YIM 79486~T sp.nov.的多相分类研究 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 第四章 富集处理分离、筛选木聚糖酶活性菌株及酶学性质初探 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 热泉样品来源及样点信息 |
| 4.1.2 样品富集处理设计与分离培养基 |
| 4.1.2.1 样品富集处理1 |
| 4.1.2.2 样品S集处理2 |
| 4.1.3 样品的处理与分离培养 |
| 4.1.4 菌株的分离、纯化与保藏 |
| 4.1.5 纯化菌株基因组DNA的提取、PCR扩增、测序和系统发育分析 |
| 4.1.6 木聚糖酶活性菌株的初筛 |
| 4.1.7 木聚糖酶活性菌株的复筛 |
| 4.1.8 木聚糖酶活力的测定与计算 |
| 4.1.9 菌株Geobacillus sp.YIM 71344发酵产酶 |
| 4.1.10 菌株Geobacillus sp.YIM 71344所产木聚糖酶酶学性质初探 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 直接分离得到的嗜热原核微生物中木聚糖酶活性菌株的筛选 |
| 4.2.2 富集1处理热泉样品的分离与木聚糖酶活性菌株筛选 |
| 4.2.3 富集处理2热泉样品的分离与木聚糖酶活性菌株筛选 |
| 4.2.4 热泉样品不同分离方式下木聚糖酶活性菌株筛选比较分析 |
| 4.2.5 Geobacillus sp.YIM 71344发酵产酶 |
| 4.2.6 Geobacillus sp.YIM 71344所产木聚糖酶酶学性质初探 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 第五章 两株高温木聚糖酶活性菌株的基因组学分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验菌株的培养和菌体细胞收集 |
| 5.1.2 菌株基因组DNA的提取 |
| 5.1.3 菌株Meiothermus sp.YIM 71147和Geobacillus sp.YIM 71344的全基因组测序 |
| 5.1.4 基因组测序数据的生物信息分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 基因组DNA的提取 |
| 5.2.2 基因组测序数据组装结果评价 |
| 5.2.3 基因预测与非编码RNA预测 |
| 5.2.4 基因功能注释 |
| 5.2.5 YIM71147和YIM 71344基因组分布图 |
| 5.2.6 菌株YIM 71147和YIM 71344基因组中木聚糖酶相关基因的信息分析 |
| 5.2.7 Meiothermus sp.YIM 71147和Geobacillus sp.YIM 71344基因组中木聚糖酶基因序列的分析 |
| 5.3 小结与讨论 |
| 第六章 两个热泉环境宏基因组中高温木聚糖酶基因的挖掘 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 样品采集与样点信息 |
| 6.1.2 热泉样品中微生物细胞的收集 |
| 6.1.3 热泉环境样品宏基因组DNA的提取 |
| 6.1.4 宏基因组测序 |
| 6.1.5 宏基因组数据的组装与生物信息分析 |
| 6.1.6 木聚糖酶基因序列的分析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 金泽和供销社热泉环境样品宏基因组DNA的提取 |
| 6.2.2 金泽和供销社热泉宏基因组组装、基因预测和基因注释评价 |
| 6.2.3 金泽与供销社热泉中基于功能基因的微生物物种多样性分析 |
| 6.2.4 基因功能注释 |
| 6.2.5 两个热泉宏基因组中木聚糖酶基因的注释与分析 |
| 6.3 小结与讨论 |
| 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 博士期间成果 |
| 致谢 |
（7）云南腾冲及西藏曲才地热区可培养高温厌氧细菌多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 目录 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 地热 |
| 1.1.1 地热的形成 |
| 1.1.2 地热的分类 |
| 1.2 云南腾冲及西藏地热区简介 |
| 1.3 高温菌概述 |
| 1.4 厌氧微生物及其与氧的关系 |
| 1.5 高温厌氧菌 |
| 1.6 高温厌氧菌耐热机制 |
| 1.7 高温厌氧菌的应用 |
| 1.7.1 提供生物能源 |
| 1.7.2 酶的应用 |
| 1.7.3 降解废弃物方面的应用 |
| 1.8 厌氧菌的培养方法 |
| 1.8.1 蜡烛燃烧耗氧法 |
| 1.8.2 置换法 |
| 1.8.3 培养基预先还原法 |
| 1.8.4 厌氧盒和厌氧袋法 |
| 1.8.5 疱肉培养基法 |
| 1.8.6 焦性没食子酸法 |
| 1.8.7 生物耗氧法 |
| 1.8.8 亨盖特厌氧滚管技术 |
| 1.8.9 厌氧手套箱(Anaerobie glove box) |
| 1.9 研究目的和意义 |
| 第二章 热泉样品的厌氧细菌分离和培养技术的摸索与优化 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结论 |
| 2.2.1 分离时预处理结果 |
| 2.2.2 培养基除氧方法的摸索结果 |
| 2.2.3 分离培养基的筛选结果 |
| 2.2.4 培养方法的筛选结果 |
| 2.2.5 保藏方法的探讨结果 |
| 2.3 现有的技术路线 |
| 2.3.1 滚管分离技术路线 |
| 2.3.2 平板分离方法 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 高温厌氧细菌的分离及其种群多样性的探讨 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 样品的采集与样点信息 |
| 3.1.2 分离培养基 |
| 3.1.3 样品的处理 |
| 3.1.4 分离流程 |
| 3.1.5 DNA的提取 |
| 3.1.6 16 S rRNA基因的PCR扩增及测序 |
| 3.1.7 基于16S rRNA基因序列的系统发育分析 |
| 3.2 结果与讨论 |
| 3.2.1 腾冲样品的分离结果 |
| 3.2.2 西藏样品分离情况 |
| 3.2.3 腾冲和西藏地区所得菌株分布情况比较 |
| 3.3 本章小结与讨论 |
| 第四章 潜在新种的多相分类 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 形态学实验 |
| 4.1.3 生理生化实验 |
| 4.1.4 化学分类实验 |
| 4.2 结果与讨论 |
| 4.2.1 新种YIM G1-1~T的确定 |
| 4.2.2 新种YIM A1-8~T的确定 |
| 4.3 本章小结 |
| 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 硕士期间成果 |
| 致谢 |
（8）云南热带和亚热带户用沼气池的原核微生物多样性比较研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 概述 |
| 1.1 选题背景 |
| 1.1.1 沼气发酵微生物 |
| 1.1.2 沼气发酵微生物研究进展 |
| 1.1.3 云南代表性气候区域的农村户用沼气池 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.2.1 DGGE |
| 1.2.2 16S rRNA 基因克隆文库技术 |
| 1.3 选题的提出、研究内容、目的和意义 |
| 1.3.1 选题的提出 |
| 1.3.2 研究内容 |
| 1.3.3 技术路线 |
| 第2章 户用沼气池样点及样品信息 |
| 2.1 样品采集与保存 |
| 2.1.1 样品采集 |
| 2.1.2 样品保存 |
| 2.2 样点描述 |
| 2.2.1 地理位置 |
| 2.2.2 气候条件 |
| 2.2.3 周围植被 |
| 2.3 样品的基本信息 |
| 2.4 发酵液理化性质 |
| 2.5 本章小结 |
| 第3章 DGGE 初步分析户用沼气池原核微生物多样性 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 分析方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 样品总 DNA 的提取 |
| 3.2.2 16S rRNA 基因 V3 高变区的扩增 |
| 3.2.3 变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析 |
| 3.2.4 DGGE 条带多样性与理化因子的相关性分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 DGGE 聚类分析结果 |
| 3.3.2 DGGE 条带多样性与理化因子的相关性 |
| 3.3.3 克隆文库代表性样品确定 |
| 3.3.4 分析方法 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 16S rRNA基因克隆文库技术分析农村户用沼气池原核微生物多样性 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 分析方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 16S rRNA 基因片段的 PCR 扩增、纯化 |
| 4.2.2 16S rRNA 基因克隆序列多样性分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 沼气池原核微生物多样性 |
| 4.3.2 分析方法 |
| 4.5 本章小结 |
| 第5章 不同季节不同发酵状态的户用沼气池原核微生物多样性初步分析 |
| 5.1 样品中细菌的显微镜直接计数 |
| 5.1.1 实验原理 |
| 5.1.2 材料与方法 |
| 5.1.3 结果与分析 |
| 5.1.4 讨论 |
| 5.2 DGGE 初步分析样品中的原核微生物多样性 |
| 5.2.1 实验材料与方法 |
| 5.2.2 结果与分析 |
| 5.2.3 讨论 |
| 5.3 本章小结 |
| 第6章 总结与展望 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文和研究成果 |
| 致谢 |
（9）甘肃省农村户用沼气池及其发酵原料微生物群落结构的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 沼气发酵基础概述 |
| 1.2.1 厌氧消化的优点 |
| 1.2.2 沼气发酵的基本原理 |
| 1.2.3 沼气发酵的主要微生物及其相互作用 |
| 1.3 国内外研究进展 |
| 1.3.1 沼气发酵微生物多样性研究进展 |
| 1.3.2 微生物分子生物学技术研究进展 |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 技术路线 |
| 2.2.2 DNA提取 |
| 2.2.3 16S-rDNA扩增、克隆文库构建及ARDRA分析 |
| 2.2.4 测序及系统发育分析 |
| 2.2.5 统计学分析 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 细菌及古菌16S-rDNA基因文库分析 |
| 3.1.1 微生物基因组DNA分析 |
| 3.1.2 16S-rDNA基因的PCR扩增分析 |
| 3.1.3 16S-rDNA基因克隆分析 |
| 3.1.4 克隆文库的ARDRA分析 |
| 3.2 沼气池细菌群落结构和多样性 |
| 3.2.1 库容分析 |
| 3.2.2 细菌16S-rDNA基因系统发育分析 |
| 3.2.3 不同沼气池细菌群落结构比较分析 |
| 3.2.4 沼气池细菌多样性分析 |
| 3.2.5 沼气池细菌群落组成的相似性分析 |
| 3.3 沼气池古菌群落结构和多样性 |
| 3.3.1 库容分析 |
| 3.3.2 古菌16S-rDNA基因系统发育分析 |
| 3.3.3 不同沼气池古菌群落结构比较分析 |
| 3.3.4 沼气池古菌多样性分析 |
| 3.3.5 沼气池古菌群落组成的相似性分析 |
| 3.4 猪粪和牛粪中细菌群落结构和多样性 |
| 3.4.1 库容分析 |
| 3.4.2 细菌16S-rDNA基因系统发育分析 |
| 3.4.3 猪粪和牛粪细菌群落结构比较分析 |
| 3.4.4 猪粪和牛粪细菌多样性分析 |
| 3.4.5 猪粪和牛粪细菌群落组成的相似性分析 |
| 3.5 猪粪和牛粪中古菌群落结构和多样性 |
| 3.5.1 库容分析 |
| 3.5.2 古菌16S-rDNA基因系统发育分析 |
| 3.5.3 猪粪和牛粪古菌群落结构比较分析 |
| 3.5.4 猪粪和牛粪古菌多样性分析 |
| 3.5.5 猪粪和牛粪古菌群落组成的相似性分析 |
| 3.6 沼气池参数与微生物群落结构比较分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 农村户用沼气池细菌群落结构分析 |
| 4.1.1 沼气池细菌类群代谢特征分析 |
| 4.1.2 不同沼气池细菌群落结构和多样性比较 |
| 4.2 农村户用沼气池古菌群落结构分析 |
| 4.2.1 产甲烷菌代谢特征分析 |
| 4.2.2 不同沼气池古菌群落结构和多样性比较 |
| 4.2.3 氢依赖型甲烷合成通路为沼气池中优势甲烷代谢途径 |
| 4.3 牛粪和猪粪细菌群落结构分析 |
| 4.4 牛粪和猪粪古菌群落结构分析 |
| 4.5 沼气池与其发酵底物微生物群落的相关性分析 |
| 4.6 沼气池参数与微生物群落结构比较分析 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 在读期间研究成果 |
| 致谢 |
| 附录 |
（10）拜城盐山放线菌物种多样性及其抗植物病原真菌菌株的筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.0 盐环境中的放线菌 |
| 1.1 盐环境中放线菌的多样性 |
| 1.2 盐环境中放线菌的分离培养 |
| 1.3 极端放线菌的研究现状 |
| 1.4 拮抗放线菌的筛选方法 |
| 1.5 新疆主要经济作物危害 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 1.6.1 设计思路 |
| 1.6.2 技术路线 |
| 第2章 免培养法研究盐山放线菌的多样性 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.2.1 方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 样品总盐的测定结果 |
| 2.2.2 免培养方法分析拜城盐山放线菌多样性 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 拜城盐山可培养放线菌多样性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 分离培养方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 拜城盐山可培养放线菌的多样性 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 放线菌拮抗植物病原真菌菌株的筛选 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第5章 结论和展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
四、从腾冲热海免培养获得的5个16 S rDNA克隆分析（论文参考文献）
- [1]云南保山荷花温泉放线菌的物种多样性分析及其生物活性成分研究[D]. 马瑞. 大理大学, 2020
- [2]高通量测序分析云南腾冲热海热泉微生物多样性[J]. 秦亚玲,梁宗林,宋阳,王保军,刘双江,姜成英. 微生物学通报, 2019(10)
- [3]明永冰川及其退却地区垂直气候带的细菌群落多样性研究[D]. 李浩宇. 昆明理工大学, 2016(04)
- [4]福州温泉嗜热菌多样性及嗜热菌Geobacillus thermoglucosidasius低温适应的机制[D]. 贾宪波. 福建农林大学, 2016(10)
- [5]美国大盆地四热泉可培养高温细菌多样性及生态学研究[D]. 周恩民. 云南大学, 2015(05)
- [6]云南腾冲热泉嗜热原核微生物资源挖掘和高温木聚糖酶筛选[D]. 明红. 云南大学, 2015(05)
- [7]云南腾冲及西藏曲才地热区可培养高温厌氧细菌多样性研究[D]. 刘兰. 云南大学, 2015(09)
- [8]云南热带和亚热带户用沼气池的原核微生物多样性比较研究[D]. 李秋敏. 云南师范大学, 2014(03)
- [9]甘肃省农村户用沼气池及其发酵原料微生物群落结构的研究[D]. 马丽英. 兰州大学, 2013(08)
- [10]拜城盐山放线菌物种多样性及其抗植物病原真菌菌株的筛选[D]. 周慧杰. 新疆农业大学, 2012(01)