问：如何确定某种因子在信号传导通路的上游或下游？
- 答：确定某种因子在信号传导通路的上游或下游方法：
将两种因子A和B分别做基因沉默，沉默A gene 看看A和B表达的情况，然后沉默B gene 再看看A和B表达的情况。上游的因子被沉默表达后，下游的因子肯定表达下调或不表达。而下游因子被沉默表达后，上游因子的表达不会受影响。还可以做个免疫共沉淀，看看上游因子是不是直接结合（作用）于下游因子的基因启动子区，开启下游表达。如若不是，可能另有其他的环节在中间过程。 - 答：将两种因子A和B分别做基因沉默，沉默A gene 看看A和B表达的情况，然后沉默B gene 再看看A和B表达的情况。上游的因子被沉默表达后，下游的因子肯定表达下调或不表达。而下游因子被沉默表达后，上游因子的表达不会受影响。还可以做个免疫共沉淀，看看上游因子是不是直接结合（作用）于下游因子的基因启动子区，开启下游表达。如若不是，可能另有其他的环节在中间过程。
问：如何知道自己所写的论文相关方面前沿的研究进展（需要具体的搜索方法，我找半天找到很多没用的东西）？
- 答：一你可以在你们学校的图书馆里找，最近五年的电子期刊资源或者是托外校的同学在他们学校找。二在知网上搜索与你论文相关的资料，用关键词去搜。或是直接将你的论文题目输上看有没有相似的文章。三是找与你论文研究方向相似的上一届的学姐或学长，他们手里应该里搜索到的现成资源，借来参考下。
- 答：可以上知网，先搜索综述，然后在论文，我当时探索了半年，都是泪啊
- 答：网上在这方面还没有形成一个非常系统的资料库，这倒是一个不错的想法，一个很好的商机。
问：如何通过kegg找到上游或下游基因
- 答：怎么找楼上说了，我说补充问题。
你有两种发法，1是直接在blast的结果下面就能看到，比如Evalue
只是粗略比较的话，用这个就可以看到，哪个物种的和鸭MEF2D基因最相似，第二相似。。。。。。
第二个比较麻烦，要论文的话，一般要做出系统发育树，blast自带的那个树只是定性的，要把你觉得有必要比较的到本地，用clastalw或者mega等进行比对。
这种东西，网上问是没希望回答清楚的，尤其是怎么使用那几个，你找你们学校会的同学吧
问：如何查找上游基因对代谢酶，转运体的作用
- 答：转录因子一半都结合在被调控基因的promoter区域，你可以做一个chip-seq实验，然后在基因组数据库中定位这些与该转录因子结合的DNA区域，那么这些区域的下游附近的基因就很可能是受该转录因子调控的基因。然后在针对这些疑似基因做转录因子KO之后的该基因mRNA水平检测（realtimePCR）确定是否受其调控。
代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。
问：怎样快速的查文献？
- 答：多往几个数据库里查询，是否准确关键是选择合适的搜索词。
